Una posible conflicto...

Todas las configuraciones que estábamos aplicando, las hacíamos a una sola máquina, es decir solo estábamos trabajando en una computadora...
Al no darnos por vencidos con Ubuntu 9.10 después decidimos probar el programa en otra máquina...
En esta máquina el audio funcionó correctamente, lo que nos llevó a concluir que el problema es en efecto un conflicto entre la tarjeta de sonido y la configuración, ya que revisando posibles soluciones como ya lo mencionamos anteriormente, muchas personas tienen problemas para grabar el sonido de los videos con gtk-recordmydesktop.